الإدارة العامة هي الجهاز الإداري للمنظمة، يترأسها مدير عام تنتخبه الجمعية العامة لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة ودور المدير العام هو تطبيق توصيات وقرارات الجمعية العامة والمجلس التنفيذي، وإعداد مشاريع ونشاطات المنظمة.

إن الإدارة العامة للمنظمة العربية للطيران المدني تتألف من المدير العام للمنظمة بالإضافة إلى خمسة خبراء: خبير السلامة الجوية، خبير النقل الجوي، خبير الملاحة الجوية، و خبير أمن الطيران وخبير بيئة الطيران.